Bagian Kerja Sama dan Otonomi Daerah Sekretariat Daerah Kota Semarang terdiri atas tiga (3) subbagian, yaitu:

1. Subbagian Kerja Sama Dalam Negeri

2. Subbagian Kerja Sama Luar Negeri

3. Subbagian Otonomi Daerah

Berikut Struktur Organisasinya: